邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……

两位孤苦无依的孤儿、却有著不为人知的超能力、不料这个秘密被鲁莽的暴发户知道了，贪得无厌的他想借用他们的力量来完成他私人的欲望，勇敢的孤儿联合起来逃出他的魔掌……