16世纪末，日本正处于战国时代的白热化时期。魔王织田信长（吉田钢太郎 饰）集结大军，朝向早已失去甲斐之虎的武田领地袭来。武田家昔日的风光不再，而今则被织田信长、上杉景胜（远藤宪一 饰）、北条氏政（高岛政伸 饰）、德川家康（内野圣阳 饰）这几大豪强团团包围，灭亡在即。覆巢之下安有完卵，依附于武田家

　　东都大学附属医院某夜紧急收容了一名头部受创的神秘男子，脑外科值班医生南方仁（大泽隆夫 饰）为其顺利完成手术，手术转醒后男子却莫名出逃。仁在追赶中自台阶摔下昏迷，再次醒来后发现自己已身处一片树林之中，有盘头武士在厮杀。以为在拍时代剧的仁险遭殃及，所幸被青年武士橘恭太郎（小出惠介 饰）所救。仁随负伤

《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘

　　在广告公司工作的片桐哲平（木村拓哉饰）个性洒脱不羁，在创作部总是难以与同事沟通，被上司一怒之下调向需要向客户点头哈腰的营业部。这是倒霉的一天。对于营业部助理上杉理子（松隆子饰）来说，这天同样阴暗，她刚被男友甩，二人在公车站相遇，唱K开房度相依偎度过了一晚，其实什么也没发生。　　次日哲平在营业部再

　　苍井仁子（竹内结子 饰）是一名生物学家，在伦敦留学期间结识了同为生物学家的南原孝史（内野圣阳 饰），趣味相投的两人渐渐走到了一起。然而，让仁子十分失望的是，孝史竟是一个喜欢四处沾花惹草的花花公子，对此孝史并没有丝毫的愧疚之意，反而将原因归结到生物的本能之上。愤怒的仁子选择了分手。　　回国后，仁子